1回戦 (2006/6/17-18,24-25)

・地中海南部地域
ポベダ・プリレプ(マケドニア)2−4(2−2,0−2)ファルル・コンスタンツァ(ルーマニア)
サン・ジュリア(アンドラ)0−8(0−3,0−5)マリボル(スロベニア)
エトニコス・アカナス(キプロス)5−4(4−2,1−2)パルティザニ・ティラナ(アルバニア)
ズリニスキ・モスタル(ボスニア・ヘルツェゴビナ)4−1(3−0,1−1)マルサシュロック(マルタ)

・中央東部地域
キリキア・エレバン(アルメニア)1−8(1−5,0−3)ディナモ・トビリシ(ジョージア)
シャフチョール・カラガンダ(カザフスタン)4−6(1−5,3−1)MTZ=RIPOミンスク(ベラルーシ)
ニトラ(スロバキア)12−2(6−2,6−0)グレーヴェンマハ(ルクセンブルク)
MKTアラズ・イミシュリ(アゼルバイジャン)1−2(1−0,0−2)FCティラスポリ(モルドバ)

・北部地域
IBKケプラヴィーク(アイスランド)4−1(4−1,0−0)ダンガノン(北アイルランド)
ディナブルグ(ラトビア)2−1(1−1,1−0)HBトウシュハウン(フェロー諸島)
タンペレ(フィンランド)8−1(5−0,3−1)カーマーゼン(ウェールズ)
ナルヴァ・トランス(エストニア)1−8(1−6,0−2)カルマル(スウェーデン)
ヴェトラ(リトアニア)0−5(0−1,0−4)シェルボーン(アイルランド)

2回戦 (2006/7/1-2,8-9)

・地中海南部地域
ソプロン(ハンガリー)3−4(3−3,0−1)カイセリスポル(トルコ)
ファルル・コンスタンツァ(ルーマニア)3−2(2−1,1−1)ロコモティフ・プロヴディフ(ブルガリア)
ゼタ・ゴルボフチ(モンテネグロ)0−5(0−3,0−2)マリボル(スロベニア)
マッカビ・ペタク・チクヴァ(イスラエル)4−2(1−1,3−1)ズリニスキ・モスタル(ボスニア・ヘルツェゴビナ)
オシエク(クロアチア)2−2(2−2,0−0)エトニコス・アカナス(キプロス)

・中央東部地域
グラスホッパー・チューリッヒ(スイス)4−0(2−0,2−0)テプリツェ(チェコ)
ニトラ(スロバキア)2−3(2−1,0−2)ドニプロ・ドニプロペトロウシク(ウクライナ)
リート(オーストリア)4−1(3−1,1−0)ディナモ・トビリシ(ジョージア)
FCティラスポリ(モルドバ)4−1(1−0,3−1)レフ・ポズナン(ポーランド)
FCモスクワ(ロシア)3−0(2−0,1−0)MTZ=RIPOミンスク(ベラルーシ)

・北部地域
タンペレ(フィンランド)3−5(1−2,2−3)カルマル(スウェーデン)
オーデンセ(デンマーク)3−1(3−0,0−1)シェルボーン(アイルランド)
リールストロム(ノルウェー)6−3(4−1,2−2)IBKケプラヴィーク(アイスランド)
ハイバーニアン(スコットランド)8−0(5−0,3−0)ディナブルグ(ラトビア)

)ゼタ・ゴルボフチvsマリボルは、1stlegの実際の試合結果(2−1でマリボルの勝利)を無効にして、 マリボルの3−0の勝利と認定された。

3回戦 (2006/7/15-16,22)

・地中海南部地域
オセール(フランス)4−2(4−1,0−1)ファルル・コンスタンツァ(ルーマニア)
ラリッサ(ギリシャ)0−2(0−0,0−2)カイセリスポル(トルコ)
ビジャレアル(スペイン)2−3(1−2,1−1)マリボル(スロベニア)
マッカビ・ペタク・チクヴァ(イスラエル)3−4(0−2,3−2)エトニコス・アカナス(キプロス)

・中央東部地域
グラスホッパー・チューリッヒ(スイス)3−2(2−1,1−1)ヘント(ベルギー)
マルセイユ(フランス)2−2(0−0,2−2)ドニプロ・ドニプロペトロウシク(ウクライナ)
ヘルタ・ベルリン(ドイツ)2−0(0−0,2−0)FCモスクワ(ロシア)
リート(オーストリア)4−2(3−1,1−1)FCティラスポリ(モルドバ)

・北部地域
ニューカッスル(イングランド)4−1(1−1,3−0)リールストロム(ノルウェー)
カルマル(スウェーデン)2−3(1−0,1−3)トゥウェンテ(オランダ)
オーデンセ(デンマーク)2−2(1−0,1−2)ハイバーニアン(スコットランド)

2006−07シーズン インタートト・カップ総評(1回戦−3回戦)
 今シーズンから大会形式が変わったインタートト・カップだが、1回戦には26チームが参加した。
 2回戦には1回戦の勝者13チームと1回戦をシードされた15チーム(ハイバーニアンやカイセリスポルなど)が出場し、 14チームが3回戦に進出している。
 3回戦から出場する上位シード8チーム(ビジャレアル、ニューカッスル、マルセイユ、オセール、ヘルタ・ベルリン、トゥウェンテ、ラリッサ、ヘント) でインタートト・カップに出場する全チームが揃うことになる。 3回戦ではこの8チームと2回戦を勝ち上がってきた14チームが対戦し、 3回戦で勝った11チームがUEFAカップの予選2回戦への出場権を獲得した。